Mn(ClO4)2 còn tạo một số hợp chất với NH3, như Mn(ClO4)2·5NH3·H2O là chất rắn màu hồng nhạt hay Mn(ClO4)2·12NH3 là chất rắn màu trắng.[1]

Mn(ClO4)2 còn tạo một số hợp chất với CO(NH2)2, như Mn(ClO4)2·6CO(NH2)2 là tinh thể không màu, nóng chảy ở 190 °C (374 °F; 463 K), d = 2,0206 g/cm³.[7]

Mn(ClO4)2 còn tạo một số hợp chất với CON4H6, như Mn(ClO4)2·3CON4H6 là tinh thể màu trắng, dễ nổ.[8]

Mn(ClO4)2 còn tạo một số hợp chất với CSN3H5, như Mn(ClO4)2·3CSN3H5 là chất rắn màu trắng, nóng chảy ở 140 °C (284 °F; 413 K).[9]